Jenjang pendidikan

Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar adalah lembaga pendidikan Pondok Pesantren yang di dalamnya terdapat jenjang-jenjang pendidikan formal dengan sistem klasikal. Melalui jenjang-jenjang pendidikan yang ada para santri-santri tidak hanya mendapatkan pendidikan agama tetapi juga mendapat pendidikan am yang mencukupi.

Jenjang pendidikan yang ada termasuk:

1. Jenjang pra sekolah : Tarbiyatul athfaal al-Manar (tidak berasrama).
2. Madrasah Ibtidaiyah Mamba'ul Huda (berasrama / tidak berasrama; peringkat SD; 6 tahun).
3. Tarbiyatul Mu'allimin al-Islamiyah (khas putra; 6 tahun bagi tamatan SD dan 3 atau 4 tahun bagi tamatan M.Ts. / SLTP; berasrama; pendidikan formal peringkat MTs / SLTP dan MA / SMU).
4. Tarbiyatul Mu'allimat al-Islamiyah (khas putri; 6 tahun bagi tamatan SD dan 3 atau 4 tahun bagi tamatan M.Ts. / SLTP; berasrama; pendidikan formal peringkat MTs / SLTP dan MA / SMU).
5. Institut Agama Islam Riyadlotul Mujahidin (jenjang S-1; Fak. Dakwah, Syari'ah, Tarbiyah; berasrama).

Lembaga-lembaga penunjang pendidikan

Di samping institusi-institusi pendidikan tersebut, terdapat lembaga-lembaga lain:

1. Majlisu Riyasatil Ma'had; Yayasan sebagai lembaga tertinggi di Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar dan pelaksana amanat wakif yang disenaraikan dalam Piagam Ikrar Wakaf tarikh 22 Syaaban 1400 H / 6 Julai 1980 M.
2. Yayasan Penjagaan dan Pembangunan Wakaf Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar. Bertugas: a). Memelihara, menyempurnakan dan mengembangkan segala usaha Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar, dalam bidang material, untuk tercapainya tujuan Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar, terlakksana menjadi suatu lembaga pendidikan Islam yang bermutu tinggi dan bermanfaat bagi masyarakat Indonesia umumnya dan tetap berjiwa pondok. b). Melanjutkan dan menyempurnakan segala usaha yang telah dirintis oleh pengasas dan pimpinan Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar di bidang material, baik benda tetap atau benda bergerak, sehingga memenuhi hajat Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar, sesuai dengan perkembangannya.
3. Majlis Pembimbing Santri (MPS) Putra. Bertugas dalam bidang penjagaan dan pembinaan santri putra dalam kegiatan luar sekolah.
4. Majlis Pembimbing Santri (MPS) Putri. Bertugas dalam bidang penjagaan dan pembinaan santri putri dalam kegiatan luar sekolah.
5. Keluarga Besar Alumni Pondok Pesantren Wali Songo (KBAPWS). Sebagai wadah alumni dengan cabang-cabangnya di dalam dan di luar negeri. Bertanggung jawab dalam bidang pembinaan alumni dan simpatisan Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar.